Nel luglio del 1584 il parroco di Calvairate, sul quale gravava il dovere della nuova chiesa, capita una diceria che lo preoccupa: Mons. Lodovico Moneta (1521-1598) che godeva della piena fiducia di San Carlo soprattutto per la sua competenza di arte e architettura, andava dicendo a molti, che niuno riusciva a burlare il Cardinale, se non il curato di Calvairate “il quale mostrava di fare ogni cosa, ma niente faceva, specialmente circa la fabbrica della chiesa”.  Il parroco si reca subito da Mons. Moneta a chiedere spiegazioni e si sente dire che se non si fabbricava la chiesa era proprio tutta colpa sua!  Pronta è la risposta del Conti: non poteva mettere mano ad un’impresa che importava un preventivo di 30.000 lire, qualora non si fossero trovate altre fonti di finanziamento, oltre quella delle entrate del beneficio.  Tanto più che sulla parrocchia di Calvairate gravava annualmente “un livello di 28 moggia a favore degli ufficiali del duomo”.  Mons. Moneta credette di confortare il parroco dicendogli che gli avrebbe fatto recuperare quanto la contessa Vidania non versava da 20 anni per una messa quotidiana alla cascina Trecca di Calvairate.  Non soddisfatto di questa prospettiva, il curato si fa coraggio ed avanza al Moneta una sua proposta veramente intelligente, che avrebbe visto piena attuazione soltanto quattro secoli dopo.  Disse che era in vendita il palazzo della Senavra, (nella foto a sinistra, una foto del lato ovest del Palazzo della Senavra, oggi assente, a Milano. Parte della villa della Senavra ancora oggi esistente è sede della Parrocchia del Preziosissimo Sangue) esistente nel suo territorio di Calvairate, il quale presentava due vantaggi: quello di una posizione più comoda per la popolazione e quello di risparmi notevoli.

“Il palagio si saria avuto per lire 10.000 circa. Senza mover tetto saria riuscita una chiesa lunga 40 braccia e larga 20. Si saria ottenuto la materia per fare le tre cappelle, il battistero, il campanile e la sacrestia. Vi saria stata casa onorifica per il curato, con un giardino di circa 5 pertiche, tutto mutato intorno”.  Con quella parte del podere che si riusciva a vendere, si  poteva ricavare la metà dello stesso prezzo del costo originario.  I due si lasciano con l’intesa che il Moneta, accompagnandosi col  prefetto della porta Mons. Salò, si sarebbe recato alla Senavra per un controllo diretto.  Il buon parroco, pieno di speranza, tanto stancò con le sue preghiere il Moneta, sempre temporeggiante, che questi finalmente venne alla Senavra con il Salò.  Quest’ultimo, sorpreso dell’amenità del posto, giudicò che la Senavra debitamente acquistata era assai più adatta ed opportuna come “ricreazione per il Seminario”, mentre il curato di Calvairate poteva ricorrere ad altro espediente.  Né preghiere, né ragioni riuscirono a smuovere l’onnipotente Mons. Moneta dalla proposta suggeritagli dal Salò; anzi, ritornando in città, non risparmiò “minacce di prigionia e di altre cose” al curato, se non dava immediatamente principio alla nuova chiesa!  Spinto da tali minacce, ma anche dalle promesse di aiuti che il buon Arcivescovo aveva fatto per spingerlo ad iniziare l’opera, il parroco passa immediatamente alla fase esecutiva dell’ampliamento della precedente chiesetta.
Di fondamentale importanza per la costruzione e l’ampliamento di una chiesa è sempre la scelta indovinata dell’architetto progettista.  Scrive il curato di Calvairate di essere ricorso all’ingegner “messer Giovanni Alciato”.  Il nome di questo ingegnere non è ignoto alla storia dell’arte di quegli anni: era membro tra l’altro della famosa commissione incaricata di vagliare i titoli richiesti all’ammissione al collegio degli Ingegneri di recente fondazione.  Sarà pure nominato membro della commissione dei tre tecnici che si dovevano pronunciare sulla costruzione contrastata dalla cupola progettata da  Martino Bassi nella Basilica cittadina di San Lorenzo.

Ma Mons. Moneta non era di facile accontentatura: prima di concedere la firma di approvazone al progetto che gli era stato sottoposto, volle per quattro volte che si ritoccasse il disegno.  Ottenuta finalmente l’approvazione del progetto, il curato si buttò nell’impresa facendo versare circa 200 carri di calcina nelle fondazioni, dicendo: “Io comincerò e il cardinale con il suo promesso aiuto continuerà e finirà l’opera”.  Accostò i due gentiluomini Melchion della Rocca e Francesco Casate che, dal Cardinale, nella visita pastorale del 1569, erano stati eletti fabbriceri.  Per invogliarli li rassicura del vivo interesse dell’Arcivescovo per quell’opera, alla quale aveva fatto, con il Moneta, tante promesse.  I due fabbriceri smorzarono gli entusiasmi del loro parroco: le promesse dell’Arcivescovo erano troppo vaghe; mettere invece mano ad un’opera di tanto impegno, senza fondata speranza di portarla a termine, rappresentava un vero danno ed esponeva ad uno scorno.
Finalmente il 2 settembre di quell’anno 1584 il vicario generale della diocesi Mons. Lodovico Andeno venne a Calvairate e mise la prima pietra nelle fondazioni, esprimendo sentita approvazione.  Quando poi il giorno seguente lo stesso vicario generale fu richiesto di concedere l’autorizzazione di demolire la vicina chiesetta di S.Nazaro, già interdetta a l culto, per ottenere le macerie necessarie al  riempimento dello scavo, impone al parroco il doveroso ricorso al Moneta ed al Salodio.  Questi temporeggiano e rimandano l’indispensabile sopraluogo agli ultimi di ottobre, con pericolo che rovinassero gli scavi già eseguiti.
La sospirata licenza arrivò il 3 novembre 1584 “lo stesso giorno che il cardinale morse”.  La sera di quel giorno infatti suonarono i lugubri rintocchi della campana del duomo che annunciavano l’inattesa morte di San Carlo.
Cominciata la costruzione, cominciò pure un’altra serie di guai, per lo più di ordine finanziario.  Secondo le intese del Salodio, i signori di Porro di Calvairate avrebbero dovuto demolire altare e campanile del loro oratorio privato, dando “buon aiuto alla nuova chiesa”.  Invece costoro negarono la loro collaborazione, limitandosi a promettere “una elemosinetta”!  Era poi stato promesso al parroco che, a spese fatte, gli sarebbero fatti i rimborsi.  Ma, dopo che gli venne consegnato l’importo di una prima lista di spese, alla seconda lista di ben L.109 ed alcuni soldi  il Salodio si rifiutò di apporre la firma necessaria alla riscossione.  Il Conti allora infilzò diverse ragioni, per lo più economiche, che lo distoglievano dall’opera.  Curiosissima è la prima ragione che gli fu causa di tanta amarezza.  Un tale, Dionisio Aricardi, doveva essere dichiarato scomunicato.  L’assoluzione della scomunica poteva essere condizionata ad una penitenza pecuniaria da versare per la fabbrica della chiesa.  Il parroco lo aveva querelato “per aver lui percosso me, per istigazione del demonio, il giorno di Pasqua all’altare, alla presenza del popolo, come provai con cinque testimoni confessi”.  Ma i superiori ecclesiastici costrinsero invece il parroco ad ammettere il colpevole alla comunione: il che mandava in fumo la speranza di un notevole contributo per la nuova costruzione, ma a noi insinua il legittimo sospetto che il parroco non avesse poi tutte le ragioni!

Altra ragione che ostacola la nuova chiesa e che, a giudizio del Conti, la rende impossibile, è la recente erezione della nuova parrocchia del Monluè.  Restano sottratte anime alla parrocchia e più che dimezzati diventano i contribuenti!
Attesta poi che il progetto della nuova costruzione presenta una chiesa troppo ampia, in quanto molti parrocchiani si sentono l’attrattiva alla loro precedente parrocchia, oppure si recano, per il precetto, in città dove “sebben è festa vendono le sue robe mangiative, fiori ed altre cose, ascoltano messe,, prediche et altri diversi uffici quali vogliono: cosa che non possono a Calvairà se non la mia messa”.  Per di più i ricchi che qui tengono i loro possedimenti hanno il domicilio a Milano e con tale pretesto non si ritengono obbligati a concorrere alla spesa.  Rimangono i poverissimi che non hanno neppure da sostenere sé e i figli.

Il parroco ricorda anche che dopo la morte del Cardinale inoltrò una protesta “de appellando” contro le precedenti ordinazioni del Borromeo, perché le riteneva ingiuste e che, celebrando la messa festiva proprio la domenica 11 novembre dopo il funerale, aveva dichiarato alla popolazione di non ritenersi soggetto a tali prescrizioni, perché toccava al popolo finanziarsi la chiesa.  Non si rassegnava affatto alla prescrizione con cui San Carlo aveva imposto di destinare i lauti proventi del beneficio parrocchiale alla nuova costruzione, riservando soltanto cento monete d’oro per le necessità personali.  Ricorda da ultimo l’altra ingiunzione del Borromeo, emessa nell’ultima visita a Calvairate: “Il parroco Lazzaro non si permetta mai di recarsi a Milano senza averne avuta prima la licenza scritta dal  vicario generale, pena la multa di monete d’oro 50 e la sospensione dalle funzioni sacre”.  Siccome tale disposizione era stata  provocata dall’accusa di uomini i quali dicevano di non averlo trovato in casi di necessità di amministrare i sacramenti, perché troppo spesso correva in città, egli si giustifica ricordando come lo stesso Arcivescovo lo aveva in seguito dispensato da questa intimazione: unico suo sbaglio fu di non aver richiesto per iscritto tale dispensa, e così ora si trova sotto accusa!
Da queste espressioni finali del memoriale possiamo capire che egli lo stese precisamente a propria difesa nell’occasione di queste ultime accuse mossegli dopo la morte dell’Arcivescovo.
Noi gli dobbiamo non poca riconoscenza per averci tramandato, con il ricordo di tante sue tribolazioni, preziose memorie interessanti il costume di quei tempi e la storia delle origini della vecchia chiesa di Calvairate che per tre secoli e mezzo sarà il centro della vita e delle vicende di questa antica località del suburbio cittadino.
Il Conti sopravvisse a San Carlo 4 anni: morì il 20 luglio 1588.  L’Arcivescovo Gaspare Visconti, che occupò la sede milanese dal 1584 al 1595, destinò a Calvairate a succedergli Paolo Clerici, maestro delle cerimonie del duomo, con la chiara condizione, ben conosciuta ed accettata dal nuovo parroco, di spendere i proventi beneficiari del corrente anno “per le riparazioni della chiesa”, mentre l’interessato per il suo sostentamento doveva prelevare soltanto dieci ducati d’oro ogni mese, fino alla riscossione dei nuovi affitti dell’anno seguente.  Il Clerici non riuscì a rimanere rettore della parrocchia neppur tre anni, lasciandola nel 1591.  In seguito lo troviamo canonico dal 1593 fino alla morte nel 1620 a S.Nazaro in Brolo.  Nei registri di S.Nazaro appare che era dottore in diritto canonico e civile.  Godette dopo la rinuncia anche di una pensione gravante per qualche tempo sul beneficio di Calvairate, che gli fu energicamente contestata dal successore.

Il terzo parroco, Giovanni Pietro Brugalio, del quale  non si sono rintracciate documentazioni, resse la cura lui pure per solo un triennio.  Questo avvicendarsi continuo a brevi scadenze di rettori è chiaro indizio delle non piccole difficoltà di ambiente, presumibilmente riducibili al carico finanziario dell’ampliamento della chiesa che ovviamente coinvolgeva la riduzione dei proventi beneficiari.