Dopo sette anni, il 27 ottobre 1576, il santo Arcivescovo Carlo Borromeo eleva il presidente chiericato di Calvairate in parrocchia indipendente da S.Stefano in Brolo, assegnando come dote i beni che già erano di spettanza del chiericato.  Doveva veramente premergli l’erezione, avendola decisa nei più gravi e travagliati mesi della famosa peste che era scoppiata in città due mesi prima, nell’agosto, al borgo degli ortolani di porta comasina.  Fu questa la ragione che dovette ritardare la nomina del primo parroco avvenuta alcuni mesi dopo, il 2 maggio 1577, nella persona di don Lazzaro Conti, “Lazzarus de Cominìtibus” si legge nei documenti latini.  Si trattò di un uomo che sapeva scrivere e contestare!  A lui dobbiamo i primi registri dei battezzati, dei matrimoni, dei morti, oggi conservati nell’archivio parrocchiale di S.Maria del Suffragio in Milano dove sarà trasportato nel 1896 tutto l’archivio di Calvairate.
Al primo battesimo registrato il 30.VI.1577 egli premette:

“Iddio sempre lodato!  Addì 2 maggio 1577 l’Ill.mo e Rev.mo Monsignore Carolo cardinale Borromeo, del titolo di S. Prassede, arcivescovo di Milano, a me ha fatto grazia della parrocchiale chiesa di S.Maria di Calvairate, situata nei Corpi Santi di porta orientale di Milano, eretta dall’Ill.ma Signoria del chiericato in parrocchiale, avendole sottoposto le anime le quali abitano fuori dei bastioni di Milano, le quali erano prima sottoposte a S.Stefano in Brolo e a S.Calimero di fuori la porta romana… In questo libro saranno da me, prete Lazzaro Conti, rettore primo di detta parrocchia…”.

A questo punto si trovano parole e parti rosicchiate nelle pagine.  A lui dobbiamo inoltre due altri preziosi manoscritti conservati nell’Archivio Arcivescovile (sez. X Corpi Santi di Porta Tosa, I,II).  Uno è da lui presentato come “Lo Stato d’anime sottoposte alla chiesa parrocchiale di S.Maria di Calvairate nei Corpi Santi di porta orientale e di porta romana di Milano, descritto addì 9 febbraio 1580”.  Alla chiusura mette la firma “Io, prete Lazzaro Conti, curato di detto loco”.  Il secondo manoscritto è un memoriale (ib, I, q.4) delle lunghe vicende lotte e incomprensioni  incontrate soprattutto nel quinquennio 1580-1585.  Deve averlo scritto per difendersi contro le accuse mossegli di troppo frequenti assenze dalla parrocchia per venire in città e di poco impegno nel condurre a termine la costruzione della nuova chiesa.  Comincia con il ricordare i motivi che maggiormente influirono nell’erezione della parrocchia.  Gli abitanti erano esposti “a mille disturbi” quando non esistendo ancora la parrocchia dovevano correre fino a S. Stefano oppure a S. Calimero.  E cita il caso limite di questa gente priva di un proprio sacerdote e costretta a portare nelle due suddette chiese “ senza croce, senza preti, senza lumi e senza alcun istituto della santa chiesa i corpi dei propri figli e delle proprie mogli e seppellirli loro stessi con le proprie mani”.  Veniamo così a sapere che il territorio della nuova parrocchia comprendeva le zone oltre le mura spagnole stralciate dalle due parrocchie cittadine di S.Stefano e di S.Calimero.  Non nasconde poi che le cose non camminarono bene fin dagli inizi perché tra i nuovi parrocchiani non mancarono quelli che mossero “molti reclami allo stesso monsignore”, cioè all’Arcivescovo.  Nello stesso anno 1577 alcuni parrocchiani delle due parrocchie esposero il loro attaccamento e la loro preferenza per le precedenti chiese, perché più vicine e care, con altre accuse contro il nuovo curato. 

Scrivevano quelli di S.Calimero che trovavano troppo “travaglioso incomodo, anzi pericolosissimo il dover andare a S.Maria di Calvairate sia per il lungo viaggio, come per le male strade tra l’uno e l’altro luogo, le quali diventano ancor peggio per le piogge, ghiacci e nevi.  Per le quali cause al tempo della Pasqua resta la maggior parte delle persone senza comunione, e per esserci a Calvairate solo una messa quelle che sono già in obbligo di comunione sono costrette a venire a Milano per ascoltare la messa.  Al tempo dei freddi sono morte le creature, portate per il battesimo, dopo essere portate a casa.  Le donne prossime al parto e dopo il parto, sentendosi mancare nel viaggio, sono ritornate a casa.  Nell’occorrenza di urgente confessione e comunione non si riceve nessuno dei sacramenti se non dopo l’intervallo di almeno due giorni.  Quando si deve portare il Santissimo Sacramento a qualche infermo, non si trovano persone che vogliono seguire la processione per la lontananza e incomodità; anzi, per la troppa distanza di tempo nel portare la comunione agli infermi, alcuni sono morti senza quella. I corpi morti hanno molta difficoltà ad essere sepolti, né vi è chi accompagni ai funerali, anzi, spesse volte non vi è chi si presti a trasportarli.  Oltre il danno ai poveri che restano gravati di spesa duplicata o triplicata, è capitato che il padre abbia dovuto portare il figlio morto alla sepoltura, il marito, il marito, la moglie e l’un fratello o l’altro.  Infiniti sono anche altri inconvenienti occorsi che sarebbe troppo lungo elencare.  Cose tutte che cesserebbero, se le dette persone avessero la parrocchia più vicina e comoda, come sarebbe quella di S.Calimero”. 

Nella lunga e pesante lista degli inconvenienti pastorali, economici, logistici, non manca la frecciata personale contro il curato Conti che presso l’Arcivescovo viene pure accusato di mancanza di lealtà, perché usò l’artificio di fare il censimento dei futuri parrocchiani senza dir loro che se ne sarebbe servito come fosse volontaria sottoscrizione per la nuova parrocchia.  Questo documento dei suoi parrocchiani già dipendenti di S.Calimero non deve aver trovato immediato ascolto, se il 22 luglio 1580 gli stessi uomini abitanti fuori di porta romana presentano una nuova richiesta per ottenere dall’Arcivescovo “nelle cose pertinenti alla cura delle loro anime di ricorrere alla chiesa di S.Calimero, il che sperano”.  Accennano ancora a “grave pericolo, scomodo, danno et travaglio, oltre gli scandali”, ma riducono a due i principali motivi della loro domanda: la lontananza di tre miglia ostacola il trasporto dei piccoli battezzandi, l’amministrazione sollecita dei sacramenti agli ammalati ed il trasporto dei morti attraverso proprietà privati che non vedono di buon occhio ciò; ma soprattutto il fatto che molti hanno già i loro morti sepolti a S.Calimero, dove godono pure di diritti di ulteriori sepolture e di legati per i suffragi dei propri defunti; dove pure sono iscritti alle diverse confraternite e dove si trovano più sacerdoti per le confessioni e più fedeli che seguano il santo viatico, dove la diminuita lontananza non impone di duplicare le spese.

Un terzo documento analogo richiesto è la dichiarazione di un Donato de Rotiis che abita alla cascina Lizzarda dei “Corpi Santi” di Milano fuori di porta orientale, la quale cascina apparteneva già alla parrocchia di S.Stefano in Brolo che “da pochissimo tempo si dice posta sotto la parrocchia di S.Maria della località di Calvairate”.
Lo scrivente si è presentato al vicario generale dell’Arcivescovo che allora era Salerio Nicolò di Padova, giureconsulto e canonico, per esporgli che suo padre Filippo de Rotii, morto la notte precedente, aveva espresso la propria volontà di essere sepolto nella chiesa di S.Stefano, dove erano tumulati anche i suoi avi.  Il figlio Lazzaro si era presentato al prete Lazzaro Conti, parroco di Calvairate, perché concedesse di seppellire il defunto Filippo, secondo la sua volontà, a S.Stefano.  Ma il parroco ricusò di acconsentire: certamente intendeva o non creare precedenti o forse a stroncarli, perché una buona volta si rispettassero i diritti della parrocchia, smettendo di appellarsi al passato.  Il fatto fu che il vicario generale riconobbe questa volta le ragioni del diritto della nuova parrocchia e si rifiutò di intervenire nella faccenda, perché il defunto aveva la sua chiesa parrocchiale in cui trovare sepoltura!